Un aspecto muy interesante de CFW es que jugamos en varios mapas, o sistemas solares, independientes a la vez; es decir, empezamos en un sistema solar básico que puede tener dos, tres o más planetas de diversa naturaleza y utilidad, pero que a corto plazo y para cumplir con los objetivos de eliminar al enemigo y cumplir la misión tendremos qe aventurarnos a otros sistemas solares que pueden o no estar controlados por el enemigo (este viaje es realizado a través de los famosos agujeros de gusano (worm holes) propuestos por la física moderna). El tamaño de estos sistemas varía de pequeño a grande y su número de tres a dieciséis. Esto hace de suma importancia tener flotas bien preparadas y adecuadamente abastecidas para poder vencer al contrincante. Por otro lado cada planeta tiene diferentes características propias que van desde el tipo de recurso que ofrecen hasta el monto. Su tamaño no influye en la cantidad de estaciones que podemos colocar en órbita.

En Conquest hay que gestionar tres recursos (minerales, gas y personal) y un cuarto que no es propiamente un recurso, los puntos de comando (command points). Los recursos los usamos para construir la diversa gama de estructuras que ofrece el juego, las cuales son ya sea estaciones orbitando un planeta (cada planeta tiene un espacio limitado para estas, y por ende hay que tener cuidado y orden al momento de crearlas), o estaciones que pueden estar flotando más lejos y por lo tanto su ubicación es menos restringida. Estas estaciones autónomas son más que nada torretas de defensa láser, estaciones de combate y cañones de plasma para defender un planeta importante, o todo el sistema. Cada estructura nueva, de las que van alrededor de un planeta, ofrece mejoras útiles o resulta necesaria para habilitar otras estructuras más importantes; lo que en pocas palabras viene a ser el árbol tecnológico del juego.

Existen cuatro estructuras realmente importantes. La estación de comando sin la cual no podemos hacer prácticamente nada (esta hace que un sistema este abastecido y otorga 25 puntos de comando). La refinería que permite procesar los recursos del planeta al igual que los de asteroides y nebulosas cercanas (los primeros dan minerales, las segundas gas). Luego esta la estación de detección a largo alcance (LR Sensor Tower) la cual aparte de quitar la famosa niebla de batalla otorga 10 puntos de comando.  Por último tenemos al no menos importante portal galáctico que permite abastecer a otro sistema solar y evita que el enemigo nos invada antes de tiempo, esta estructura va ahí donde existe un worm hole a otro sistema solar.

Los famosos puntos de comando limitan el número de estructuras y flotas que podemos tener, y es un valor determinado antes de cada juego, o misión. Ciertamente su única utilidad es exigir un mayor nivel de gestión al momento de construir estructuras y/o flotas, ya que más allá de esto no limita nada. Por suerte es igual para todos los participantes de un juego, sean estos controlados por la PC o jugadores humanos. La única forma de obtenerlos es mediante la estación de comando y el LR Sensor Tower. Razón por la cual un buen uso del limitado espacio para construir en cada planeta es de primordial importancia.

A través de las refinerías podemos construir unidades que obtienen más recursos de los asteroides que flotan en el sistema o de las nebulosas. Estas útlimas tienen la interesante característica de no ser sólo fuentes de gas sino efectos de terreno, en cierto sentido. Algunas nebulosas, por ejemplo, causan de que nuestras naves pierdan escudos, vean sus sistemas electrónicos afectados, avancen más lento o más rápido, agregando así un interesante factor a la defensa, o al combate, que podemos aprovechar cuando conocemos sus ventajas o desventajas. En general un campo de asteroides causa de que las naves vayan más lento, por obvias razones. La chatarra dejada en un sistema tras los combates puede ser recuperada para su reciclado, siempre y cuando quede alguien para hacerlo.

Todas las estructuras son construidas a través de una nave-plataforma de construcción, la cual también puede reciclar estaciones o repararlas tras combates. Su capacidad de recuperar los materiales de una estructura resulta práctico para cuando necesitamos espacio y no tenemos planetas libres. Las naves que sobreviven a un combate pueden ser arregladas en plataformas de reparación establecidas en algún planeta --el más cercano, su abastecimiento puede ser realizado mediante naves de carga o en estaciones adecuadas de un planeta próximo a la batalla. El eterno concepto de que las unidades, y estructuras de defensa, tienen un monto ilimitado de munición ha sido siempre un factor que quita realismo, y en algunos casos interés, a los juegos RTS, sin embargo su asusencia permite combates rápidos y largos sin tener que considerar este factor táctico/estratégico.