La historia que rige las diferentes misiones y episodios de Starcraft entre un jugador y la PC es, según los vídeos y las explicaciones dadas en cada misión, la siguiente.

Episodio I: Terrans. Los Zerg una raza alienigena cuya estructura social y forma de vida es similar a la de las hormigas y abejas se encuentran invadiendo y amenazando las colonias humanas en la galaxia. Asi mismo, otra raza alienigena, los Protoss, parecen interesados en las colonias humanas y todavía no se sabe si son aliados o enemigos.

Episodio II: Zerg. La Mente Maestra de los Zerg tiene como plan dominar toda la galaxia y para ello ha empezado a atacar a los terrestres en todas sus colonias y así exterminarlos por completo del mapa. La presencia de los Protoss en algunos planetas y aparente aliado de los terraqueos también debe ser eliminada. La humana capturada (Teniente Kerrigan) tiene ahora un nuevo destino como reina del Enjambre Zerg.

Episodio III: Protoss. La expansión de los Zerg por toda la galaxia amenaza la misma existencia de los Protoss que además tienen problemas internos. La única forma de impedir una aniquilación es aliándose a los terraqueos y buscando la ayuda de los Dark Templars una secta Protoss no muy apreciada por el actual regímen.

Entre telones existen varias mini-historias que se nos cuenta tanto en los video-clips, como en las charlas llevadas acabo antes de cada misión. El resultado final es una línea histórica muy bien realizada y abierta a más, y mejores, desenlaces.