La historia básica se concentra en un grupo de rebeldes cuyo fin es conquistar el mundo entero. Su jefe es Kain y el nombre del grupo NOD.

Con el fin de proteger al mundo de este tirano/loco las diferentes Naciones del planeta forman al GDI (Global Defense Initiative, Iniciativa de Defensa Global) y le dotan de todos los recursos y armamentos posibles, y disponibles.

En medio de la historia como un elemento agregado se encuentra el Tiberium que es un mineral altamente energético y radioactivo de origen extraterrestre pero cuyo control podría otorgar el poder necesario para sojuzgar a todo el planeta.