Una nueva epidemia mortal y rápida hace su aparición 50 años en el futuro. El cargamento de vacunas que venia por mar es secuestrado por unos terroristas (la NSF). Estados Unidos esta en riesgo de desaparecer si no se recupera esas vacunas. La UNATCO tiene como misión recuperar esas vacunas y saber porque el grupo terrorista secuestra al carguero. Un agente recientemente egresado de la academia y al que se sometio a ciertos procesos de incremento de capacidades mediante el uso de nanotecnologias, esta en el caso. De J.C. Denton depende la sobrevivencia de todo EEUU y, probablemente, del mundo.

Lo dicho en el párrafo anterior es, a groso modo, el complot básico del juego, sin embargo, detrás de este se suceden muchos otros, varios de ellos, inclusive, más relevantes. Al final, todos son sospechosos y no existe en quien confiar. Paranoia y conspiraciones en sus niveles más altos. Una buena combinación para un juego del estilo de Deus Ex.