4.000 años antes del nacimiento del Imperio Galáctico la República se encontraba ante un enemigo increíblemente poderoso que buscaba su fin, los Sith. Guiados por dos renegados Jedi, Dark Lord Revan y Darth Malak, la armada Sith parecía no tener límites. Apenas aprendices con futuro cuando fueron a combatir en las guerras Madalorian, volvían ahora como máximos representantes del lado oscuro de la fuerza, y nada parecía interponerse en su camino.

Bastila, una jóven Jedi con el increíble poder de la Battle Meditation se enfrenta a los Sith en su camino hacía los mundos interiores, gracias a su poder, la ayuda de muchos y la traición de un aprendiz logran ganar la batalla y derrotarles, además de eliminar al señor de la oscuridad Revan. No mucho después el nuevo líder los Sith, Darth Malak, reaparece con una armada mucho más poderosa como si la reciente derrota no hubiera significado nada.

En camino a Dantooine cruzando por las cercanías del planeta Taris, abordo de la nave Endar Spire, Bastila y muchos otros descubren que son objeto de un ataque sorpresa por parte de los Sith. Entre los tripulantes está un nuevo recluta que demuestra muchas aptitudes además de una gran afinidad con la Fuerza. Bastila no debe ser capturada, los Sith no deben encontrarla, en ella están puestas las esperanzas de toda la galaxia. ¿En ella?