En términos generales Nexus: The Jupiter Incident es un juego RTS-táctico, con un escuadrón persistente cuyas habilidades y equipo va mejorando parcialmente, a la vez que incluye reducidas características de RPG. En otras palabras, es un juego idóneo para enfrentar una misma situación de varias maneras, desde diferentes ángulos.

Como en todo juego de naturaleza táctica el objetivo principal, casi siempre, es enfrentar a una fuerza enemiga más numerosa y poderosa, con recursos limitados. Si bien en éste caso particular no existe manera de cubrirse, existen varias formas de lidiar rápido o lento con los oponentes.

• Una vez que es posible personalizar más a gusto el armamento y equipo de las naves de nuestra fuerza de choque, hay que tomar una decisión importante lo más temprano posible, la misma responde a la siguiente pregunta: ¿cómo me voy a enfrentar al enemigo?
• ¿concentrándome en sus equipos y armas individuales? 
• ¿eliminando escudos rápido para dar cuenta de la estructura física?
• ¿combinando de forma apropiada las dos técnicas anteriores?
• Lo que siempre hay que ir mejorando son las armas anti-caza, los generadores de escudo, los propulsores, los generadores secundarios y las baterías.
• Tampoco es mala idea dotar a las naves, lo antes posible, de sensores y equipo de combate como el que evitan que el enemigo apunte bien (ECM), y aquel que ayuda a que nosotros lo hagamos (ECCM). No todas las naves requieren sensores y siempre se puede utilizar el espacio extra en un generador secundario adicional (en aquellas que los soportan).
• Mejorar el armamento particular de una nave para que cumpla su función es algo inevitable, porque al final de cuentas las capacidades del oponentes también van mejorando.