La historia de SepterraCore tiene como base a tres eventos sobresalientes que ocurrieron en el pasado, uno de los cuales es cíclico y esta pronto a suceder nuevamente.

Primero que nada contamos con el misterio del Creador del mundo de Septerra y sus diferentes continentes, además están las leyendas de batallas entre el hijo de este último, Morduk, y el rebelde Gamma. Segundo esta la historia de una gran batalla ocurrida años atrás entre los denominados Chosen (Elegidos), misma que dejo muchos muertos y aún más huérfanos(as) en Shell II, uno de estos es la protagonista del juego, Maya. Por último tenemos un evento cósmico (planetario) que consiste en la alineación de los diferentes continentes; esto permite la generación de una energía poderosa cuyo control volvería dueño del mundo a su poseedor; a este respecto, también esta la existencia de unas llaves escondidas por el creador, precisamente para evitar un mal uso de este poder.

La alineación de los continentes de Septerra sucede cada 100 años, fecha que esta pronta a suceder. El vídeo clip del inicio nos muestra como por el tranquilo cielo de Shell II (hogar de Maya, la heroína y principal personaje) empiezan a pasar naves de los Elegidos, algo que no alegra a nadie ya que la última vez que esto paso fue en los tiempos de la gran guerra citada arriba.

Además de la línea histórica principal, SepterraCore cuenta con historias anexas que podrían no tener mucho que ver con lo que anda ocurriendo, pero que sin embargo no hay que desdeñar del todo. Entre estas historias esta el extraño comportamiento del Alcalde de la ciudad de Oasis donde vive Maya; los secretos sólo conocidos por Azzis el maestro de todos; la vida del Tío, padre adoptivo de los huérfanos(as) dejados por la guerra; y muchas otras que aparecen de a poco, agregando así todavía más interés a toda la historia y guiándonos en pos de otras aventuras.

El mundo de Septerra esta por sufrir un cambio y la única que puede ayudar a que sea para bien es Maya, sus amigos y sus aliados.